Los microorganismos están presentes en casi todos los nichos de la Tierra y, en su mayoría, no existen de forma aislada, sino que forman comunidades de especies individuales o mixtas. Dentro de estas poblaciones microbianas y entre los microbios y un huésped eucariota, tienen lugar diversas interacciones microbianas en un entorno en constante cambio. Estas interacciones microbianas son cruciales para un establecimiento y mantenimiento exitoso de una población microbiana. La unidad básica de interacción es la expresión génica de cada organismo en esta comunidad en respuesta a estímulos bióticos o abióticos. La expresión génica diferencial es responsable de producir moléculas intercambiables involucradas en las interacciones, lo que finalmente conduce al comportamiento de la comunidad. Las interacciones cooperativas y competitivas dentro de las comunidades bacterianas y entre las bacterias asociadas y el huésped son el enfoque de esta revisión, enfatizando la comunicación célula-célula microbiana (detección de quorum). Además, se discute la metagenómica como una herramienta útil para analizar la compleja información genómica de las comunidades microbianas y el papel funcional de diferentes microbios dentro de una comunidad, así como para identificar nuevas biomoléculas para aplicaciones biotecnológicas.