Las plantas terrestres sobreviven a los desafíos de nuevos entornos evolucionando mecanismos que las protegen de la radiación excesiva, la deficiencia de nutrientes y las fluctuaciones en la disponibilidad de temperatura y agua. Uno de esos mecanismos evolucionados es la regulación de la relación de crecimiento entre el brote y la raíz en respuesta a la disponibilidad de agua y nutrientes, equilibrando las acciones de las hormonas auxina y citoquinina. La terrestrialización de las plantas coincidió con una expansión dramática en el metabolismo secundario, particularmente con la evolución y establecimiento de la vía biosintética de los flavonoides. La biosíntesis de flavonoides responde a una amplia gama de estrés, y las numerosas especies de flavonoides sintetizadas ofrecen dos ventajas evolutivas principales a las plantas terrestres. Primero, los flavonoides son antioxidantes y, por lo tanto, defienden a las plantas contra aquellas condiciones adversas que conducen a la sobreproducción de especies reactivas de oxígeno. Segundo, los flavonoides ayudan a proteger a las plantas contra la deficiencia de agua y nutrientes al modular el desarrollo de las raíces y establecer relaciones simbióticas con hongos y bacterias beneficiosas del suelo. Aquí, revisamos diferentes aspectos de las relaciones entre el módulo de auxina/citoquinina y los flavonoides. El cuerpo actual de conocimiento sugiere que, mientras que tanto la auxina como la citoquinina regulan la biosíntesis de flavonoides, los flavonoides actúan para afinar solo la auxina, que a su vez regula la acción de la citoquinina. Esta conclusión concuerda con la función reguladora maestra establecida de la auxina en el control de la relación de crecimiento entre el brote y la raíz.