Utilizamos análisis de clúster en cronologías de anillos de árboles de 200 años para examinar los patrones que emergen de la autoorganización, impulsada por la heterogeneidad ambiental, que podrían impulsar la diversificación en el pino ponderosa (Pinus ponderosa). Determinamos los patrones naturales en el paisaje y luego probamos estos grupos contra variedades históricamente separadas dentro de esta especie que podrían ser evidencia de diversificación. Utilizamos 178 cronologías de anillos de árboles previamente recolectadas de los Estados Unidos occidentales que estaban archivadas en el Banco de Datos Internacional de Anillos de Árboles. Exploramos una variedad de técnicas de agrupamiento, decantándonos por el agrupamiento de Ward con medidas de distancia euclidiana como el proceso de agrupamiento más razonable. Estas técnicas identificaron de dos (p = 0.005) a diez (p = 0.01) posibles clústeres naturales en las cronologías de pino ponderosa. Sin importar el número de clústeres, encontramos que las variedades de pino ponderosa, ponderosa y benthamiana siempre se agrupan juntas. La variedad scopulorum se diferencia claramente por sí sola, pero brachyptera es una mezcla de grupos diversos, basada en los factores ambientales que controlan la variabilidad de la cronología de anillos de árboles. El análisis de clúster es una herramienta útil para examinar la agrupación natural en el paisaje utilizando cronologías de anillos de árboles a largo plazo, lo que permite al investigador examinar los patrones de heterogeneidad ambiental que deberían conducir a la especiación. A partir de este análisis, sugerimos que la variedad brachyptera debería ser más variada genéticamente.