La toxicidad de aluminio (Al) en suelos ácidos es un problema agrícola global que limita la productividad de los cultivos a través de la inhibición del crecimiento de las raíces. Sin embargo, un mal manejo asociado con la aplicación de enmiendas de acidez del suelo como cal (CaCO) en ciertos tipos de cultivos puede representar una amenaza para las prácticas agrícolas de bajo insumo. En consecuencia, es importante desarrollar técnicas apropiadas para el manejo de la producción de cultivos en suelos ácidos. En este estudio, identificamos en la soja (variedad Toyomasari), que se expresa en gran medida en el brote bajo estrés de Al. Se encontró que la expresión era específica de Al bajo diversas condiciones de estrés. Analizamos la expresión en los brotes de plantas de soja cultivadas en dos tipos diferentes de suelos ácidos (suelo ácido artificial y natural) con diferentes niveles de cal y encontramos que la expresión fue suprimida con niveles de cal que han demostrado eliminar la toxicidad de Al en el suelo. Utilizando la soja como modelo, identificamos un posible biomarcador que podría indicar la toxicidad de Al y los niveles adecuados de cal para la soja cultivada en suelos ácidos.