El modelo de nefrectomía cinco-sextos (5/6Nx) se utiliza ampliamente para estudiar los mecanismos involucrados en la progresión de la enfermedad renal crónica (ERC). El deterioro mitocondrial es un mecanismo crítico que favorece la progresión de la ERC. Sin embargo, hasta ahora, no existen estudios temporales sobre el cambio en la biogénesis y dinámica mitocondrial que permitan determinar el papel de estos procesos en el deterioro mitocondrial y la progresión del daño renal en el modelo 5/6Nx. En este trabajo, determinamos los cambios en los marcadores de biogénesis y dinámica mitocondrial en la masa renal remanente desde los días 2 hasta 28 después de la 5/6Nx. Nuestros resultados muestran una reducción progresiva en la biogénesis mitocondrial desencadenada por la reducción de dos reguladores principales de la expresión de proteínas mitocondriales, el coactivador 1-alfa del receptor gamma activado por proliferadores de peroxisomas y el receptor alfa activado por proliferadores de peroxisomas. Además, la reducción de las proteínas de biogénesis mitocondrial se correlaciona fuertemente con el aumento de los marcadores de daño renal. Adicionalmente, encontramos un cambio lento y gradual en la dinámica mitocondrial de fusión a fisión, favoreciendo la fragmentación mitocondrial en etapas posteriores después de la 5/6Nx. En conjunto, nuestros resultados sugieren que la 5/6Nx induce la reducción progresiva de la masa mitocondrial a lo largo del tiempo a través de la disminución de los factores de biogénesis mitocondrial y un cambio lento de la fisión mitocondrial a la fusión; ambos mecanismos favorecen la progresión de la ERC en la masa renal remanente.