Las modificaciones epigenéticas juegan un papel importante en la regulación de la adaptación animal al estrés externo. Para explorar cómo la metilación del ADN regula los niveles de expresión de los genes relacionados durante la muda forzada (FM) de las gallinas ponedoras, se analizaron los tejidos del hipotálamo y los ovarios en cinco períodos utilizando la secuenciación de bisulfito de genoma completo. Los resultados muestran que los niveles de metilación fluctuaron de manera diferente en el exón, intrón, 5UTR, 3UTR, promotor y regiones intergénicas del genoma durante la FM. Además, se identificaron 16 genes diferencialmente metilados (DMGs) que regulan el envejecimiento celular, la inmunidad y el desarrollo en los dos procesos reversibles de inanición y redearrollo durante la FM. Al comparar los DMGs con los genes diferencialmente expresados (DEGs) obtenidos en los mismos períodos, se encontraron cinco DMGs hipermetilados (DSTYK, NKTR, SMOC1, SCAMP3 y ATOH8) que inhibieron la expresión de los DEGs. Por lo tanto, los DMGs modifican epigenéticamente los DEGs durante el proceso de FM de las gallinas, lo que lleva al cierre y reinicio rápido de su función reproductiva y a un aumento en la tasa de puesta de huevos. Por lo tanto, este estudio confirmó aún más que las modificaciones epigenéticas podrían regular la expresión génica durante la FM y proporciona apoyo teórico para la posterior optimización de la tecnología de FM.