Las anomalías del metabolismo de ácidos grasos (AG) caracterizan la osteoartritis (OA) y la artritis reumatoide (AR) en la articulación de la rodilla. Ningún estudio previo ha investigado las manifestaciones de AG en el líquido sinovial (LS) en estas enfermedades inflamatorias relacionadas con la edad en el hombro. El presente experimento comparó las alteraciones de AG entre las articulaciones del hombro y la rodilla en pacientes con OA o AR en etapa terminal. Se recolectaron muestras de LS durante la cirugía de la articulación glenohumeral o de la rodilla de controles por trauma y de pacientes con OA y AR (n = 42). La composición de AG de los lípidos totales del LS se analizó mediante cromatografía de gases con detección por ionización de llama y espectrometría de masas y se comparó entre los grupos. Las firmas de AG de los controles por trauma fueron mayormente uniformes en ambas localizaciones anatómicas. Los hombros de AR se caracterizaron por porcentajes elevados de 20:4n-6 y 22:6n-3 y proporciones reducidas de 18:1n-9. Los perfiles de AG de las rodillas con OA y AR fueron relativamente uniformes y mostraron proporciones más bajas de 18:2n-6, 22:6n-3 y AG poliinsaturados totales n-6 (PUFAs). Los resultados indican diferencias en la composición de AG del LS que dependen de la localización y de la enfermedad. Estas alteraciones en los perfiles de AG y sus posibles implicaciones para la producción de mediadores lipídicos derivados de PUFAs pueden afectar la lubricación articular, la inflamación sinovial y la formación de pannus, así como la degradación del cartílago y del hueso, y contribuir a las patologías de las enfermedades articulares inflamatorias.