El tratamiento de los purines de cerdo es un problema ambiental importante, y los fotobiorreactores que contienen consorcios de microalgas y bacterias han demostrado ser una alternativa de tratamiento prometedora y sostenible. Este trabajo estudia el efecto del Cu, Zn y As, tres elementos tóxicos frecuentemente presentes en las aguas residuales de las granjas de cerdos, sobre el rendimiento y el microbioma de los fotobiorreactores. Después de la dopaje con Zn (100 mg/L), Cu (100 mg/L) y As (500 ug/L), la alta absorción de biomasa de Zn (69-81%) y Cu (81-83%) disminuyó la eliminación de carbono en los fotobiorreactores, inhibió el crecimiento de sp., y afectó a las poblaciones bacterianas heterotróficas. El resultado de la absorción de biomasa de As fue bajo (19%) y, de hecho, promovió el crecimiento de microalgas. La presencia de Cu y As disminuyó la eliminación de nitrógeno, reduciendo la abundancia de poblaciones bacterianas desnitrificantes. Los resultados mostraron que los metal(loid)es afectaron significativamente a 24 géneros bacterianos y que no se recuperaron después de la exposición. Por lo tanto, este estudio hace una importante contribución sobre el impacto de la presencia de metal(loid)es en las aguas residuales de las granjas de cerdos que compromete el rendimiento general de los PBR, y, por ende, el impacto ambiental y en la salud de los efluentes tratados.