Los microsporidios son parásitos unicelulares eucariotas obligados intracelulares con una amplia gama de huéspedes reportados en todo el mundo; sin embargo, se conoce poco sobre los datos epidemiológicos de la infección por microsporidios en animales de las Islas Canarias. Dado que los datos sobre la infección por microsporidios en especies de erizos son escasos, el objetivo de este estudio fue analizar la presencia e identidad de microsporidios en un grupo de erizos del norte de África utilizando métodos microscópicos y moleculares. Desde diciembre de 2020 hasta septiembre de 2021, se recolectaron un total de 36 muestras fecales de erizos fallecidos de forma natural en Tenerife y Gran Canaria. Todas las muestras mostraron estructuras compatibles con esporas (100%; 36/36) bajo análisis microscópico, de las cuales el 61.1% (22/36) fueron amplificadas mediante la reacción en cadena de la polimerasa anidada (PCR) dirigida a la secuencia parcial del gen 16S rRNA, la región del espaciador interno transcrito (ITS) y la secuencia parcial del gen 5.8S rRNA. Después de la secuenciación de Sanger y el análisis de ITS, se detectó en el 47.2% (17/36) de las muestras, identificando dos genotipos nuevos (AAE1 y AAE2), seguido de la detección de una especie indeterminada en el 8.3% (3/36) y el genotipo I en el 5.6% (2/36) de las muestras. Este estudio constituye el primer informe de especies de microsporidios en el mundo, destacando la alta prevalencia de especies zoonóticas.