Es un sistema potente para la expresión de bibliotecas genómicas a nivel de genoma o combinatorias para diversos tipos de cribado. Sin embargo, la expresión de bibliotecas grandes en levaduras requiere una transformación de alta eficiencia y expresión controlada. La transformación de levaduras mediante métodos de electroporación es más eficiente que los métodos químicos; sin embargo, los protocolos descritos para la electroporación requieren grandes cantidades de ADN plasmídico linealizado y a menudo producen aproximadamente 10 cfu/ug de ADN plasmídico. Optimizamos la electroporación de células de levadura para la expresión de bibliotecas de genoma completo para obtener hasta 10 cfu/ug de ADN plasmídico. El protocolo genera suficientes transformantes para una cobertura de 10-100x de diversas bibliotecas genómicas con pequeñas cantidades de bibliotecas genómicas (0.1 ug de ADN por reacción) y proporciona orientación sobre cálculos para estimar la cobertura del tamaño de la biblioteca y la eficiencia de transformación. Describe la preparación de células de levadura electrocompetentes con un paso de acondicionamiento con acetato de litio y ditiotreitol y la transformación de células mediante electroporación con ADN portador. Validamos el protocolo utilizando tres bibliotecas de visualización en la superficie de levaduras y demostramos mediante secuenciación con nanoporos que el tamaño y la diversidad de las bibliotecas se conservan. Además, el análisis de expresión confirmó la funcionalidad de la biblioteca y la eficacia del método. Por lo tanto, este protocolo proporciona una representación suficiente del genoma de interés para fines de cribado posteriores al tiempo que limita la cantidad de la biblioteca genómica requerida.