Los ciervos almizcleros de bosque son rumiantes en peligro de extinción cuyos machos adultos secretan almizcle. China ha estado criando ciervos almizcleros de bosque de manera artificial desde la década de 1950 en un esfuerzo por restaurar las poblaciones silvestres, siendo las provincias de Shaanxi y Sichuan los dos principales sitios para la cría en cautiverio. La diversidad genética es un indicador significativo que determina la viabilidad y el estado a largo plazo de una población, particularmente para las especies en riesgo de extinción. En este estudio, analizamos la composición genética actual de siete poblaciones de ciervos almizcleros de bosque en cautiverio en la provincia de Shaanxi, utilizando la región de control del ADN mitocondrial (ADNmt) como marcador molecular. Secuenciamos 604 pb de la región de control del ADNmt, con un contenido promedio de A+T superior al de G+C. Observamos 111 sitios variables y 39 haplotipos diferentes de 338 secuencias. La diversidad de nucleótidos (Pi) y la diversidad de haplotipos (Hd) fueron 0.02887 y 0.908, respectivamente. La diferenciación genética entre estas poblaciones no fue significativa, y las poblaciones podrían no haber experimentado un crecimiento rápido. Al combinar nuestras secuencias con las anteriores, identificamos 65 haplotipos únicos con 26 haplotipos raros y estimamos un total de 90 haplotipos en las poblaciones cautivas de la provincia de Shaanxi. La provincia de Shaanxi y la provincia de Sichuan obtuvieron 88 haplotipos, los haplotipos de las dos poblaciones se mezclaron, y las dos poblaciones mostraron una diferenciación genética moderada. Nuestros hallazgos sugieren que las poblaciones cautivas de ciervos almizcleros de bosque en la provincia de Shaanxi tienen una alta diversidad genética, con una rica población fundadora de aproximadamente 90 líneas maternas. Además, los gestores podrían desarrollar planes de manejo genético para los ciervos almizcleros de bosque basados en la base de datos de haplotipos. En general, nuestro estudio proporcionará información y directrices para la conservación de la diversidad genética en las poblaciones cautivas de ciervos almizcleros de bosque en la provincia de Shaanxi.