El propósito del documento es examinar la naturaleza de los conceptos químicos y las formas en que se aplican en los sistemas de quimioinformática. Un relato de los conceptos en filosofía y en las ciencias de la información conduce a un análisis de los conceptos químicos y su representación. Se revisa la forma en que se aplican los conceptos en sistemas de recuperación de información y para la correlación estructura-propiedad, y se señalan algunos problemas. La atención se centra en los conceptos básicos de sustancia, reacción y propiedad, en los conceptos organizativos de estructura química, similitud estructural, periodicidad, y en conceptos más específicos, incluidos patrones estructurales bidimensionales y tridimensionales, tipos de reacción y conceptos de propiedad. Se concluye que los conceptos químicos, a pesar de (o quizás debido a) su naturaleza vaga y mutable, tienen un valor considerable y continuo en la quimioinformática, y que un tratamiento formal aumentado de los conceptos puede tener valor en el futuro.