Para abordar los problemas cada vez más prominentes de la protección de los recursos hídricos y la contaminación por fuentes no puntuales en la cuenca del lago Erhai, este estudio realizó un experimento de campo de dos años en la aldea de Gusheng, ubicada en la cuenca del lago Erhai. En 2022, se establecieron dos tratamientos de riego: riego por inundación convencional (CK) y riego controlado (C), con tres réplicas para cada tratamiento. En 2023, con el objetivo de mejorar la tasa de utilización de los recursos hídricos de lluvia y reducir el vertido directo de aguas residuales de agricultura de secano desde aguas arriba hacia el lago Erhai, se utilizó el campo de arroz como un reservorio ecológico, y se aumentó la profundidad de almacenamiento de agua del campo de arroz en comparación con la profundidad de 2022. Combinado con el almacenamiento profundo de agua de lluvia, las aguas residuales de agricultura de secano se recargaron en el campo de arroz para reducir el drenaje. En 2023, se establecieron dos tratamientos de agua, riego por inundación con almacenamiento profundo y drenaje controlado (CKCD) y riego ahorrador de agua con almacenamiento profundo y drenaje controlado (CCD), y cada tratamiento se configuró con tres réplicas. Se observaron el crecimiento y los índices fisiológicos del arroz en varias etapas. Se observó la lixiviación de nitrógeno del campo de arroz en agua superficial, agua del suelo y agua subterránea bajo diferentes tratamientos de agua después del fertilizante de ahijado. Los resultados de la investigación muestran que la aplicación combinada de fertilizantes orgánicos e inorgánicos bajo cultivo orgánico puede proporcionar un suministro de nutrientes más razonable para el arroz, promover la acumulación de materia seca y otros índices, y también reducir la concentración de NH-N en el agua superficial. En comparación con CK, el rendimiento, el peso de 1000 granos, la relación raíz-tallo y el índice de área foliar de C aumentan en un 4.8%, 4.1%, 20.9% y 9.7%, respectivamente. En comparación con CKCD, el rendimiento, el peso de 1000 granos, la relación raíz-tallo y el índice de área foliar de CCD aumentan en un 6.5%, 3.8%, 19.6% y 21.9%, respectivamente. El rendimiento en 2023 es un 19% más alto que en 2022. El tratamiento C puede aumentar los indicadores de crecimiento y reducir la tasa fotosintética neta hasta cierto punto, mientras que el almacenamiento de lluvia-inundación de CCD puede aliviar la inhibición del límite inferior de riego bajo sobre la tasa fotosintética neta del arroz. Tanto C como CCD pueden reducir la pérdida de nitrógeno y la cantidad de riego en los campos de arroz. CCD puede reducir las aguas residuales en el área de Gusheng de la cuenca del lago Erhai hacia el lago Erhai, y también puede hacer un uso completo de N, P y otros nutrientes en las aguas residuales para promover la formación y el desarrollo del arroz. En conclusión, la metodología de almacenamiento de lluvia-inundación en el campo de arroz en la cuenca del lago Erhai puede promover varios indicadores de crecimiento y fisiológicos del arroz, mejorar la eficiencia de utilización de los recursos hídricos, reducir el vertido directo de aguas residuales en el lago Erhai y disminuir el riesgo de contaminación agrícola por fuentes no puntuales.