Para explorar el efecto de las condiciones de almacenamiento en la frescura del harina de pescado, el valor de acidez (AV), el nitrógeno básico volátil (VBN) y el valor de pH se utilizaron como índices de evaluación de frescura para explorar los cambios en la frescura durante el almacenamiento y la influencia del recuento de moho en estos índices. Los efectos de la temperatura de almacenamiento y la humedad relativa (RH) en AV, VBN, valor de pH y recuento de moho fueron estudiados utilizando una prueba de un solo factor, y se utilizó el análisis de relación gris (GRA) para evaluar la asociación entre el recuento de moho e índices de frescura. Las condiciones de almacenamiento apropiadas fueron determinadas utilizando el método de técnica para la preferencia por solución ideal similar (TOPSIS), que proporciona apoyo teórico para el almacenamiento de harina de pescado. Los resultados mostraron que el AV aumentó durante el almacenamiento de harina de pescado, mientras que el VBN y el valor de pH disminuyeron; el valor de pH tendió a ser estable en la etapa de almacenamiento posterior. El VBN y los valores de pH no se podían utilizar como índices de evaluación en la etapa temprana de deterioro. Una temperatura de almacenamiento más alta era beneficiosa para el almacenamiento de harina de pescado, pero una RH más alta no lo era. Los resultados del GRA mostraron que el recuento de moho estaba correlacionado con cada índice de frescura. La correlación entre el recuento de moho y VBN fue la mayor, seguida por AV, y la correlación con el valor de pH fue la más pequeña. El método TOPSIS finalmente determinó las condiciones de almacenamiento adecuadas para la harina de pescado en alrededor de 25 grados Celsius para la temperatura de almacenamiento y 60% para la RH. Los resultados sirven como referencia futura para el almacenamiento de harina de pescado.