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Algoritmos para calcular las distancias de tripletas y cuartetos para árboles generales binarios

Autores: Sand, Andreas; Holt, Morten K.; Johansen, Jens; Fagerberg, Rolf; Brodal, Gerth Stølting; Pedersen, Christian N. S.; Mailund, Thomas

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2013

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Acceso abierto

Artículo científico
2013

Algoritmos para calcular las distancias de tripletas y cuartetos para árboles generales binarios


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Medidas de distancia
árboles
Tripleta
Cuarteto
Topologías
Algoritmos

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 27

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Las medidas de distancia entre árboles son útiles para comparar árboles de manera sistemática, y se han propuesto varias medidas de distancia diferentes. Las distancias de tripletas y cuartetos, para árboles enraizados y no enraizados, respectivamente, se definen como el número de subconjuntos de tres o cuatro hojas, respectivamente, donde las topologías de los subárboles inducidos difieren. Estas distancias se pueden calcular trivialmente enumerando explícitamente todos los conjuntos de tres o cuatro hojas y probando si las topologías son diferentes, pero esto conduce a complejidades de tiempo al menos del orden de solo para enumerar los conjuntos. Sin embargo, las diferentes topologías se pueden contar implícitamente, y en este artículo revisamos una serie de mejoras algorítmicas que se han utilizado durante la última década para desarrollar algoritmos más eficientes aprovechando dos estrategias diferentes para esto; una basada en programación dinámica y otra basada en colorear hojas en un árbol y actualizar una descomposición jerárquica del otro.

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