En este trabajo, abordamos problemas de programación de fabricación de biofarmacéuticos con flujos de trabajo paralelos mixtos heterogéneos. El flujo de trabajo mixto consta de tres etapas, un proceso por lotes y dos procesos continuos. La función objetivo es minimizar la tardanza total. Formulamos un modelo de programación lineal entera mixta para el problema para obtener soluciones óptimas para problemas de tamaño pequeño. Presentamos un algoritmo genético y una optimización por enjambre de partículas, que se utilizan para encontrar soluciones eficientes para problemas de gran tamaño. Mostramos que la optimización por enjambre de partículas supera al algoritmo genético en problemas de gran tamaño. Realizamos un análisis de sensibilidad para obtener percepciones gerenciales utilizando el algoritmo de optimización por enjambre de partículas.