Hoy en día, los convertidores de tiempo a digital de última generación (TDC) se implementan comúnmente en dispositivos de matriz de compuertas programable en campo (FPGA) utilizando diferentes variaciones del método de unión de ondas. Para aprovechar al máximo este método, es necesario superar muchos desafíos de diseño, uno de los cuales es una codificación de datos eficiente. En este trabajo, describimos detalladamente un algoritmo efectivo para decodificar datos de salida en bruto de un TDC de unión de ondas de muestreo múltiple recién diseñado. El algoritmo es capaz de corregir errores de burbujas y detectar cualquier cantidad de transiciones, que ocurren en el código de salida del TDC de unión de ondas. Esto nos permite alcanzar una resolución media tan alta como 0.39 ps y una precisión de un solo disparo de 2.33 ps en el chip FPGA Xilinx Kintex-7. El algoritmo presentado se puede utilizar para cualquier tipo de TDC de unión de ondas y está destinado a una implementación parcial en hardware.