La interacción de la poliploidización, la hibridación y la apomixis contribuyó a la excepcional diversidad de las Rosáceas, dando lugar a un mosaico de entidades genéticas y morfológicas. El complejo de especies de las montañas de Europa Central y Sudoriental representa un sistema apomíctico alopoliploide de poblaciones que se originó tras la hibridación entre especies. Sin embargo, el modo y la frecuencia de tales alopoliploidizaciones y las relaciones entre diferentes poblaciones, morfológicamente más o menos similares, que a menudo se han descrito como diferentes taxones, siguen siendo en gran medida inexplorados. Utilizamos la huella dactilar de polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados (AFLP), secuenciación de ADN plastidial y análisis de microsatélites nucleares, junto con morfometría multivariante y datos de ploidía, para desentrañar las relaciones entre poblaciones dentro de este complejo intrincado. Nuestros resultados revelaron un mosaico de linajes genéticos, muchos de los cuales no han sido reconocidos taxonómicamente, que se originaron a través de múltiples alopoliploidizaciones. La estructura clonal dentro y entre poblaciones se mantuvo a través de la apomixis. Por lo tanto, nuestros resultados apoyan hallazgos previos que indican que la hibridación, la poliploidización y la apomixis son los principales impulsores de la diversificación en Europa.