Varios patógenos fecales y entéricos están presentes en los materiales orgánicos primarios que se introducen en las pilas de compost. Estos patógenos pueden competir con la microbiota existente y limitar su eficiencia, produciendo solo una descomposición parcial del compost final. Estos patógenos también afectan la cinética del proceso y persisten en el compost final o incluso pueden regenerarse como resultado del efecto decreciente de microorganismos antagonistas autóctonos. En este trabajo, se seleccionaron 11 aislamientos bacterianos autóctonos de pilas de compost que se construyeron a partir de diferentes porcentajes de materiales orgánicos primarios mezclados. Se llevó a cabo la caracterización enzimática, bioquímica y genética de estos cepas. Los principales resultados proporcionados por GenBank demostraron la diversidad genética de estas cepas, que pertenecían a 6 familias diferentes. Esta diversidad, aplicada también a niveles enzimáticos y bioquímicos, mostró los diferentes patrones de degradación de aminoácidos, carbohidratos, hormonas y proteínas. CBI2 ha demostrado ser el aislado más activo en la degradación de los diferentes tipos de hormonas y proteínas de productos lácteos pero carece de las enzimas necesarias para la degradación del amoníaco en nitrógeno. El potencial antagonista de los metabolitos secundarios recuperados demostró la inhibición total de todas las cepas contra y ninguna limitación de crecimiento contra . Solo los metabolitos secundarios de los aislamientos CBI1, CBI5 y CBI9 mostraron actividad inhibitoria contra Typhimurium y , mientras que solo los de CBI6 y CBI8 inhibieron el crecimiento de Typhimurium y en consecuencia. A partir de este hallazgo, se considera que estas cepas son pioneras, con un alto potencial para garantizar tanto la degradación eficiente de la materia orgánica como la eliminación de los patógenos existentes cuando se aplican a pilas de compost.