La susceptibilidad al virus del mosaico de los cítricos (CTV), T36, es mayor para (CM) que para (CA). Cómo las interacciones huésped-virus se reflejan en la fisiología del huésped es en gran medida desconocido. En este estudio, se evaluó el perfil de metabolitos y la actividad antioxidante en la savia del floema de plantas de CA y CM sanas e infectadas. La savia del floema de cítricos infectados por declive rápido (T36) y picado del tallo (T318A), así como de plantas de control, se recolectó mediante centrifugación, y se analizaron las enzimas y metabolitos. La actividad de las enzimas antioxidantes, superóxido dismutasa (SOD) y catalasa (CAT), en plantas infectadas aumentó significativamente en CM y disminuyó en CA, en comparación con los controles sanos. Usando LC-HRMS, se asignó un perfil metabólico rico en metabolitos secundarios a CA sana, en comparación con CM sana. La infección por CTV de CA causó una drástica reducción en metabolitos secundarios, pero no en CM. En conclusión, CA y CM tienen una respuesta diferente a los aislados severos de CTV y proponemos que la baja susceptibilidad de CA a T36 puede estar relacionada con la interacción del virus con el metabolismo del huésped, lo que reduce significativamente la síntesis de flavonoides y la actividad de las enzimas antioxidantes.