En el envejecimiento, el cerebro es más vulnerable a las lesiones y enfermedades neurodegenerativas, pero los mecanismos responsables son en su mayoría desconocidos. Ahora hay evidencia que sugiere que la neuroinflamación, mediada por las poblaciones residentes de astrocitos y microglía cerebrales, son actores clave en la generación de respuestas inflamatorias y pueden influir tanto en los procesos relacionados con la edad como en el inicio/progresión de la neurodegeneración. En consecuencia, dirigirse a estos tipos celulares de forma individual y colectiva puede ayudar en el desarrollo de terapias novedosas modificadoras de enfermedades. Hemos optimizado y caracterizado un protocolo para el aislamiento secuencial efectivo tanto de microglía como de astrocitos del cerebro de ratones adultos jóvenes y envejecidos. Demostramos una técnica para el aislamiento secuencial de estas células inmunitarias utilizando tecnología de perlas magnéticas, optimizada para aumentar el rendimiento y limitar posibles artefactos en aplicaciones transcriptómicas posteriores, incluidos los pipelines de secuenciación de ARN. Esta técnica es versátil, rentable y confiable para el estudio de respuestas dentro del mismo contexto biológico, siendo simultáneamente ventajosa para reducir el número de ratones necesarios para evaluar respuestas celulares en condiciones patológicas normales y relacionadas con la edad.