Los macrófagos intestinales han sido poco estudiados en peces, principalmente debido a la falta de marcadores moleculares específicos para su identificación y aislamiento. Para abordar esta brecha, utilizando la línea transgénica de pez cebra (:EGFP), desarrollamos una estrategia de clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) que nos permite aislar diferentes subpoblaciones de macrófagos intestinales, basadas en la expresión de GFP y diferencias morfológicas. Además, logramos la purificación de ARN total de alta calidad de cada población para realizar análisis transcriptómicos. La estrategia completa comprende tres pasos, que incluyen la disección del intestino y la disociación del tejido, el aislamiento de cada población de macrófagos intestinales mediante FACS y la extracción de ARN total. Poder caracterizar molecularmente diferentes subpoblaciones de macrófagos y vincularlas con sus propiedades funcionales nos permitirá desentrañar la biología de los macrófagos intestinales.