Los enteropatógenos (EPEC) son patógenos asociados con enfermedades gastrointestinales. Los perros y gatos pueden albergar EPEC, y la resistencia a los antimicrobianos puede dificultar los tratamientos necesarios. Este estudio caracterizó cepas de perros y gatos, centrándose en la clasificación de filogrupos, factores de virulencia y perfiles de resistencia a los antimicrobianos. Se obtuvieron noventa y siete aislamientos de muestras fecales de 31 perros y 3 gatos de un laboratorio de diagnóstico privado en Botucatu, Brasil, de marzo a octubre de 2021. La susceptibilidad a los antimicrobianos se evaluó utilizando el método de difusión en disco. Se empleó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar genes que codifican factores de virulencia, así como para clasificar los aislamientos en filogrupos. Veinte aislamientos fueron positivos para el gen que codifica la intimina y, en consecuencia, estos aislamientos fueron clasificados como EPEC (20.62%). Notablemente, el 5.1% (5/97) de los aislamientos exhibieron producción de beta-lactamasa de espectro extendido (ESBL) y el 13.4% (13/97) fueron identificados como bacterias multirresistentes. Los filogrupos A y B2 fueron los más prevalentes, comprendiendo el 29.9% (29/97) y el 26.8% (26/97) de los aislamientos bacterianos, respectivamente. Esta caracterización destaca la prevalencia de EPEC en animales domésticos, enfatizando el riesgo potencial que representan para la salud pública y subrayando la urgencia del uso responsable de antimicrobianos en prácticas veterinarias y el importante papel de los laboratorios en la vigilancia de bacterias patógenas multirresistentes.