Los sistemas de fertirrigación por goteo son una nueva tecnología para aliviar la escasez de agua y mejorar la eficiencia en el uso de fertilizantes. La obstrucción de los emisores es el principal obstáculo para su aplicación. Sin embargo, hay pocos métodos eficientes, seguros y respetuosos con el medio ambiente disponibles para aliviar la obstrucción. En este estudio, exploramos los efectos de la irrigación con agua magnetizada en la obstrucción de los emisores en diferentes niveles de fertilización. Se realizaron experimentos de campo para estudiar los patrones y las características de obstrucción de los sistemas de riego por goteo durante dos temporadas de siembra. Los resultados mostraron que con un aumento en la aplicación de fertilizantes, la obstrucción del emisor se agravaba. El tratamiento de magnetización alivió eficazmente la obstrucción del emisor, lo que aumentó la tasa de variación promedio de descarga (Dra) en un 4,1-29,0% y 2,6-64,4%, respectivamente, y disminuyó el peso seco (DW) de la sustancia de obstrucción en un 14,0-64,6% y 15,0-75%, respectivamente, en las dos temporadas de siembra, en comparación con el tratamiento sin magnetización. La composición de las principales sustancias de obstrucción se estimó mediante rayos X; los resultados mostraron que el cuarzo, el silicato y el carbonato eran las sustancias dominantes que inducían la obstrucción del emisor. El tratamiento de magnetización puede reducir el contenido de sustancias de obstrucción y, por lo tanto, es un mecanismo posible para aliviar la obstrucción. Nuestro estudio demostró que el tratamiento de magnetización del agua es un método efectivo y libre de químicos con un gran potencial para el control de la obstrucción en los sistemas de fertirrigación por goteo.