La pérdida de biodiversidad y fertilidad del suelo en África subsahariana (SSA) puede poner en peligro la seguridad alimentaria de los pequeños agricultores. Los sistemas alimentarios en SSA están viendo el aumento de las verduras indígenas africanas (AIVs) que están subexplotadas pero se consumen localmente sin ser consideradas una fuente principal de alimento e ingresos. Aquí presentamos un estudio de campo, el primero de su tipo, en el que investigamos los efectos de diferentes sistemas de cultivo e inclusión de AIVs en el enfoque agrícola sobre la biodiversidad y estructuras comunitarias de bacterias y hongos, la actividad enzimática y el estado de alteración de los suelos de los pequeños agricultores en Kenia. En comparación con los enfoques agrícolas convencionales, la composición y biodiversidad de bacterias y hongos bajo cultivos de AIVs fue significativamente diferente. La labranza tuvo un impacto significativo solo en las comunidades de hongos. La fertilización y enmiendas del suelo causaron cambios en las comunidades microbianas hacia degradadores especializados y revelaron la introducción de microorganismos específicos de las enmiendas. Los productos de protección de plantas tradicionales hechos en casa no causaron ninguna perturbación ni a las bacterias ni a los hongos del suelo. El índice de alteración del suelo basado en la actividad enzimática diferenciaron con éxito el estado de alteración por primera vez en SSA. Estos hallazgos podrían ser útiles para que los agricultores integren AIVs con prácticas sostenibles correctas para un futuro sostenible.