La agricultura vertical está en camino de convertirse en una adición a las prácticas agrícolas convencionales, mejorando la producción sostenible de alimentos para la creciente población mundial bajo un estrés climático creciente. Aunque el desarrollo temprano de los sistemas de agricultura vertical se centró principalmente en el avance tecnológico a través de la innovación en el diseño, la automatización del cultivo hidropónico y los sistemas avanzados de iluminación LED, estudios más recientes se centran en la resiliencia y circularidad de la agricultura vertical. Estos objetivos de sostenibilidad se abordan investigando la calidad del agua y la vida microbiana en un contexto de cultivo hidropónico. Las rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPR, por sus siglas en inglés) han demostrado mejorar el rendimiento de las plantas y su resiliencia a los estreses bióticos y abióticos. La aplicación de PGPR a los medios de cultivo de plantas aumenta la diversidad funcional microbiana, creando oportunidades para mejorar la circularidad y la resiliencia de los sistemas de agricultura vertical al reducir nuestra dependencia de fertilizantes químicos y productos de protección de cultivos. Aquí ofrecemos un breve resumen histórico de la agricultura vertical, revisamos sus oportunidades y desafíos en un contexto económico, ambiental, social y político, y discutimos los avances en la explotación del microbioma de la rizosfera en sistemas de cultivo hidropónico.