El nitrógeno (N) y los fertilizantes de origen orgánico en la agricultura son importantes para sostener la producción de cultivos y alimentar a la creciente población global. Sin embargo, su uso puede resultar en emisiones significativas de gases de efecto invernadero (GEI), particularmente dióxido de carbono (CO), metano (CH) y óxido nitroso (NO), que son impulsores climáticos importantes. Esta revisión discute los efectos interactivos, descubriendo tanto resultados aditivos como supresores de las emisiones bajo diversas condiciones de suelo y clima. Además de examinar los efectos del nitrógeno y la eficiencia en el uso del nitrógeno (NUE), es crucial comprender los mecanismos y contribuciones de los fertilizantes orgánicos a las emisiones de GEI. Esta comprensión es vital para desarrollar estrategias de mitigación que reduzcan efectivamente las emisiones mientras se mantiene la productividad agrícola. En esta revisión, se utiliza el conocimiento actual para la gestión de prácticas de nitrógeno, como la optimización de las tasas de fertilización, el momento y los métodos de aplicación, en términos de la eficiencia en el uso del nitrógeno y las emisiones de GEI relacionadas. Además, discutimos el papel de los fertilizantes orgánicos, incluyendo paja, estiércol y biochar, como una estrategia de mitigación en relación con las emisiones de GEI a través de la captura de carbono en el suelo y el ciclo de nutrientes mejorado. Estrategias importantes como la rotación de cultivos, la labranza, el riego, los fertilizantes orgánicos y los cultivos de leguminosas se consideran enfoques adecuados para minimizar las emisiones. A pesar del progreso realizado en la mitigación de las emisiones relacionadas con los fertilizantes, aún existen lagunas en la investigación, específicamente en lo que respecta al efecto a largo plazo de los fertilizantes orgánicos y las interacciones entre las comunidades microbianas en el suelo y las prácticas de fertilización. Además, las diferencias en las prácticas de aplicación y las condiciones ambientales presentan obstáculos considerables para la cuantificación precisa de las emisiones. Esta revisión subraya la importancia de realizar investigaciones más exhaustivas sobre la aplicación combinada de N y fertilizantes orgánicos en múltiples sistemas de cultivo para desarrollar estrategias de mitigación específicas para cada región.