Las bacterias que albergan codifican fosfatasa alcalina (ALP), una enzima secretora que hidroliza fósforo orgánico (P) a una forma utilizable en el suelo. El impacto de las prácticas agrícolas y los tipos de cultivos en la abundancia y diversidad bacteriana en agroecosistemas tropicales es en gran medida desconocido. En esta investigación, el objetivo fue estudiar el efecto de las prácticas agrícolas (orgánicas vs. convencionales) y los tipos de cultivos en la comunidad bacteriana que alberga ALP. Se empleó un método de secuenciación de amplicones de alto rendimiento para la evaluación de la diversidad bacteriana y qPCR para la abundancia de genes. Los resultados revelaron que los suelos tratados para la agricultura orgánica tienen un alto número de OTUs observados, actividad de ALP y población que los suelos manejados bajo agricultura convencional, con la tendencia de maíz > garbanzo > mostaza > suelos de soja vegetados. La abundancia relativa de mostró dominancia. , , , y se observaron como géneros dominantes en ambas prácticas agrícolas. En general, el estudio demostró que la práctica de agricultura orgánica favorece la actividad de ALP, la abundancia y la riqueza de OTUs, que varió según los tipos de cultivos, siendo los cultivos de maíz los que mostraron el mayor número de OTUs, seguidos por garbanzo, mostaza y con menos en cultivos de soja.