El Parque Natural de la Albufera (Valencia, España) es un importante humedal costero mediterráneo que sufre continuos efectos ambientales de las actividades humanas y los usos del agua, principalmente relacionados con la agricultura y los vertidos de aguas residuales urbanas/industriales. El objetivo de esta investigación fue evaluar la calidad del agua de los diferentes ambientes acuáticos de este humedal, teniendo en cuenta la conexión entre ellos, el impacto agrícola y la gestión del agua de riego. Se siguió la Directiva Marco del Agua de la UE para evaluar el estado ecológico y trófico de los sistemas acuáticos. Se utilizaron enfoques espaciales para integrar datos fisicoquímicos en capas vectoriales de GIS con el fin de mapear los puntos de contaminación más problemáticos. Los resultados mostraron un sistema globalmente eutrófico con un potencial ecológico deficiente. El humedal está sobrecargado de nutrientes durante todo el período de cultivo de arroz. Los aportes de agua de buena calidad son deficientes, ya que la red fluvial ya tiene altos niveles de nutrientes y contaminantes, especialmente en el área norte, donde el agua del río se mezcla con efluentes inapropiados de las plantas de tratamiento de aguas residuales. La agricultura y la gestión del agua afectaron intensamente el área hasta el lago de la Albufera, modulando la mayoría de las variables estudiadas. La información recopilada aquí puede ayudar a optimizar el estudio y la gestión global de los humedales costeros mediterráneos, que están altamente vinculados a la agricultura.