La intensificación de la actividad agrícola asociada con el rápido crecimiento de la población en el oeste rural de Uganda ejerce una inmensa presión sobre los recursos naturales, amenazando no solo la fertilidad del suelo en las tierras altas, sino también la calidad del agua de los muchos pequeños lagos cráter de la región. Para evaluar el riesgo relativo de la carga excesiva de sedimentos y nutrientes a lagos individuales debido a la erosión (inter) rill dentro de las cuencas, utilizamos la ecuación revisada de pérdida de suelo universal (RUSLE) y el modelo distribuido de entrega de sedimentos (SEDD) para estimar la pérdida de suelo y sedimentación en 75 cuencas de lagos cráter con diversos tipos e intensidades de uso de la tierra, incluyendo 17 cuencas situadas parcial o totalmente en parques nacionales. Encontramos que la variación en la pérdida potencial de suelo (Ap) entre todas las cuencas estudiadas estaba fuertemente relacionada con las diferencias en la pendiente media dentro de cada cuenca. También encontramos una variación estacional sustancial en la cobertura vegetal, y por lo tanto, la pérdida de suelo real estimada (Am), tanto en tierras cultivadas como en pastizales de sabana protegidos, mientras que la cobertura vegetal del bosque tropical semi-caducifolio protegido era estacionalmente estable. Al carecer de datos de campo detallados para validar la salida del modelo, utilizamos la relación entre la pérdida de suelo real estimada (Am) y la pérdida de suelo potencial (Ap) para evaluar las influencias relativas de la intensidad y tipo de uso de la tierra, así como el impacto de las medidas de protección. Nuestros resultados mostraron que debido a sus pendientes característicamente empinadas (21% de media), todas las cuencas de cráter eran altamente susceptibles a la pérdida de suelo, y dado que la mayoría de ellas eran pequeñas (203 ha de media), una gran parte del material erosionado fue transportado y depositado en los lagos. Dada la fuerte dependencia de la población local de estos lagos cráter como fuente de agua y proteína de pescado, y de la tierra circundante para la producción de cultivos, se requiere un mayor esfuerzo por parte de los planificadores y gestores ambientales para salvaguardar o restaurar la disponibilidad a largo plazo de estos recursos naturales. Evitar condiciones de suelo desnudo restaurando la vegetación natural o empleando técnicas agrícolas que proporcionen una alta cobertura vegetal durante todo el año probablemente resultará en mejoras considerables.