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agReg-SNPdb-Plants: Una base de datos de SNPs regulatorios para especies de plantas agrícolas

Autores: Klees, Selina; Heinrich, Felix; Schmitt, Armin Otto; Gültas, Mehmet

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2022

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Acceso abierto

Artículo científico
2022

agReg-SNPdb-Plants: Una base de datos de SNPs regulatorios para especies de plantas agrícolas


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Polimorfismos de un solo nucleótido
SNPs regulatorios
Factores de transcripción
Estudios de asociación a nivel genómico
AgReg-SNPdb
Especies de plantas de importancia agrícola

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 20

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) que se encuentran en las regiones promotoras de los genes y afectan la unión de factores de transcripción (TFs) se denominan SNPs regulatorios (rSNPs). Su identificación puede ser muy valiosa para la interpretación de estudios de asociación a nivel genómico (GWAS), ya que los rSNPs pueden revelar la variante biológicamente causante y descifrar los mecanismos regulatorios detrás de un fenotipo. En nuestro trabajo anterior, presentamos agReg-SNPdb, una base de datos de SNPs regulatorios para especies animales de importancia agrícola. Para complementar este trabajo anterior, en este estudio presentamos la extensión agReg-SNPdb-Plants que almacena rSNPs y sus efectos predichos sobre la unión de TF para 13 especies y subespecies de plantas de importancia agrícola. agReg-SNPdb-Plants se puede consultar a través de una interfaz web que permite a los usuarios buscar por IDs de SNP, regiones cromosómicas o genes. Para una interpretación completa de los resultados de GWAS o conjuntos de SNP más grandes, es posible descargar la lista completa de SNPs y su impacto en los sitios de unión de factores de transcripción (TFBSs) desde el sitio web por cromosoma.

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