agReg-SNPdb-Plants: Una base de datos de SNPs regulatorios para especies de plantas agrícolas
Autores: Klees, Selina; Heinrich, Felix; Schmitt, Armin Otto; Gültas, Mehmet
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
agReg-SNPdb-Plants: Una base de datos de SNPs regulatorios para especies de plantas agrícolas
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Polimorfismos de un solo nucleótido
SNPs regulatorios
Factores de transcripción
Estudios de asociación a nivel genómico
AgReg-SNPdb
Especies de plantas de importancia agrícola
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 20
Citaciones: Sin citaciones
Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) que se encuentran en las regiones promotoras de los genes y afectan la unión de factores de transcripción (TFs) se denominan SNPs regulatorios (rSNPs). Su identificación puede ser muy valiosa para la interpretación de estudios de asociación a nivel genómico (GWAS), ya que los rSNPs pueden revelar la variante biológicamente causante y descifrar los mecanismos regulatorios detrás de un fenotipo. En nuestro trabajo anterior, presentamos agReg-SNPdb, una base de datos de SNPs regulatorios para especies animales de importancia agrícola. Para complementar este trabajo anterior, en este estudio presentamos la extensión agReg-SNPdb-Plants que almacena rSNPs y sus efectos predichos sobre la unión de TF para 13 especies y subespecies de plantas de importancia agrícola. agReg-SNPdb-Plants se puede consultar a través de una interfaz web que permite a los usuarios buscar por IDs de SNP, regiones cromosómicas o genes. Para una interpretación completa de los resultados de GWAS o conjuntos de SNP más grandes, es posible descargar la lista completa de SNPs y su impacto en los sitios de unión de factores de transcripción (TFBSs) desde el sitio web por cromosoma.
Descripción
Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) que se encuentran en las regiones promotoras de los genes y afectan la unión de factores de transcripción (TFs) se denominan SNPs regulatorios (rSNPs). Su identificación puede ser muy valiosa para la interpretación de estudios de asociación a nivel genómico (GWAS), ya que los rSNPs pueden revelar la variante biológicamente causante y descifrar los mecanismos regulatorios detrás de un fenotipo. En nuestro trabajo anterior, presentamos agReg-SNPdb, una base de datos de SNPs regulatorios para especies animales de importancia agrícola. Para complementar este trabajo anterior, en este estudio presentamos la extensión agReg-SNPdb-Plants que almacena rSNPs y sus efectos predichos sobre la unión de TF para 13 especies y subespecies de plantas de importancia agrícola. agReg-SNPdb-Plants se puede consultar a través de una interfaz web que permite a los usuarios buscar por IDs de SNP, regiones cromosómicas o genes. Para una interpretación completa de los resultados de GWAS o conjuntos de SNP más grandes, es posible descargar la lista completa de SNPs y su impacto en los sitios de unión de factores de transcripción (TFBSs) desde el sitio web por cromosoma.