Este estudio investigó los efectos de los metabolitos de la bacteria beneficiosa N5.12 formulados como nanopartículas de plata (AgNPs) en plantas de tomate y comunidades microbianas del suelo para explorar la seguridad ambiental de las AgNPs para futuras aplicaciones en agricultura. Las AgNPs recubiertas con metabolitos bacterianos exhiben actividad biológica que es dependiente de la dosis, como se muestra por las alteraciones del citoesqueleto en las raíces de Arabidopsis. Los resultados muestran que las N5.12-AgNPs pueden desencadenar efectos beneficiosos en las plantas de tomate, ya sea cuando se aplican a través de las hojas o las raíces, lo que indica la efectividad de los metabolitos formulados como NP. Estos efectos consisten en reducir el metabolismo del estrés oxidativo y, por lo tanto, mejorar la resiliencia de la planta y aumentar el contenido de clorofila y carotenoides. La reducción significativa en el contenido de HO no se asoció con enzimas que eliminan ROS, sino con un aumento en el contenido total de fenoles. En contraste, las AgNPs tuvieron un impacto mínimo en la actividad metabólica bacteriana, independientemente del método de aplicación. La estructura de las comunidades microbianas no fue alterada por las AgNPs, lo que indica seguridad ambiental para aplicaciones agronómicas. Estos hallazgos sugieren que los metabolitos de N5.12 formulados en AgNPs a concentraciones fisiológicas (30 ppm) pueden ofrecer beneficios agrícolas al mejorar la salud de las plantas y aparecer como una alternativa ambientalmente segura para la agricultura.