Los organismos vivos están constantemente expuestos a varios agentes que dañan el ADN. Si bien los mecanismos del daño y la reparación del ADN están bien entendidos, el impacto de estos agentes en la estructura secundaria del ARN y su función subsecuente sigue siendo elusivo. En este estudio, exploramos los efectos del reactivo dañino para el ADN metil metanosulfonato (MMS) en la expresión génica de arabidopsis y la estructura secundaria del ARN utilizando el método de perfilado mutacional con secuenciación de sulfato de dimetilo (DMS-MaPseq). Nuestras análisis revelan que los cambios en los niveles de transcripción y la estructura del ARNm son factores clave en la respuesta a los agentes dañinos para el ADN. El tratamiento con MMS conduce a la regulación al alza de arabidopsis (homólogos de la oxidasa de estallido respiratorio) y a la alteración en la estructura secundaria del ARN, mejorando así la eficiencia de traducción del ARNm. La homeostasis redox manipulada por RBOHs y GSTFs juega un papel crucial en la inhibición del crecimiento de la raíz primaria inducida por MMS. En conclusión, nuestros hallazgos arrojan luz sobre los efectos de los agentes dañinos para el ADN en la estructura del ARN y la posible traducción del ARNm, lo que proporciona una nueva perspectiva para entender el mecanismo del daño al ADN.