Las micotoxinas son sustancias tóxicas producidas por mohos en los piensos. Las micotoxinas ingeridas por los animales lecheros se transforman en aflatoxina M1 (AFM1) y pasan a la leche, degradando su calidad y seguridad. Patógenos como los estreptococos y estafilococos contaminan la leche a través de la mastitis o malas prácticas de ordeño. Comprender los factores que influyen en la presencia de micotoxinas y patógenos en la leche es crucial para mejorar la calidad láctea y garantizar la seguridad del consumidor. Este estudio investigó los efectos del sistema de producción (intensivo vs. extensivo), el año y la temporada sobre los niveles de AFM1, así como el impacto del sistema de producción en la prevalencia de patógenos que causan mastitis. Los resultados revelaron que el contenido de AFM1 era significativamente más alto en el sistema de producción intensivo, posiblemente debido a las prácticas de alimentación y almacenamiento. Las interacciones entre el año y la temporada tuvieron un impacto notable en los niveles de AFM1, lo que puede reflejar variaciones en las condiciones climáticas y las estrategias de manejo animal a lo largo del tiempo. Los niveles de AFM1 en la leche en ambos sistemas de producción se mantuvieron por debajo de los umbrales legales. La prevalencia de patógenos bacterianos fue significativamente influenciada tanto por el sistema de producción como por la etapa de lactancia. spp. aparecieron con más frecuencia en el sistema extensivo, posiblemente debido a las prácticas de ordeño manual. Su presencia aumentó a medida que avanzaba la lactancia, posiblemente debido a una mayor susceptibilidad de la ubre en las etapas posteriores.