Los biomarcadores para la osteoartritis (OA) en caballos han sido ampliamente investigados, pero la traducción a la práctica clínica ha sido limitada debido al costo, la sensibilidad limitada y la practicidad. Identificar biomarcadores novedosos que superen estas limitaciones podría facilitar el diagnóstico temprano y la terapia. Este estudio tuvo como objetivo comparar las concentraciones de ADN libre de células (cfDNA) en el líquido sinovial (SF) y en plasma a lo largo del tiempo en caballos de control con aquellos con OA carpiana inducida. Siguiendo un modelo establecido, se indujo OA carpiana unilateral en 9 de 17 potrancas purasangre sanas, mientras que el resto fueron controles sometidos a cirugía simulada. Se obtuvieron muestras de líquido sinovial y plasma antes de la inducción de OA (Día 0) y semanalmente hasta el Día 63, y las concentraciones de cfDNA se determinaron utilizando fluorometría. Las concentraciones de cfDNA en el SF fueron significativamente más altas para las articulaciones con OA que para las articulaciones sometidas a cirugía simulada en los Días 28 (mediana 1430 g/L y 631 g/L, respectivamente, p = 0.017) y 63 (mediana 1537 g/L y 606 g/L, respectivamente, p = 0.021). No hubo diferencias significativas en el cfDNA plasmático entre los grupos de OA y los de cirugía simulada después de la inducción de OA carpiana. La medición de cfDNA en plasma no es suficientemente sensible para fines diagnósticos en este modelo inducido de OA. La medición de cfDNA en líquido sinovial puede utilizarse como un biomarcador para monitorear la progresión temprana de la enfermedad en caballos con OA.