Los sistemas agrícolas enfrentan varios desafíos en términos de satisfacer las crecientes cantidades y calidades de los requisitos alimentarios. Sin embargo, los compromisos ecológicos y sociales para aumentar la producción agrícola son altos, por lo tanto, se desean prácticas agrícolas más sostenibles. Los investigadores están trabajando actualmente en diversas técnicas sostenibles basadas principalmente en mecanismos naturales que las plantas han desarrollado a lo largo de su evolución. Aquí, discutimos la posible aplicación agrícola del ADN extracelular (eDNA), sus múltiples mecanismos de funcionamiento en el metabolismo de las plantas, la importancia del establecimiento de curvas horméticas y, como desafío, las limitaciones técnicas de la escala industrial para esta tecnología. Destacamos los mecanismos naturales más viables en los que el eDNA afecta el metabolismo de las plantas, actuando como un patrón molecular asociado a daño/microbios (DAMP, MAMP) o como un biostimulante general de las plantas. Finalmente, sugerimos un sistema sostenible completo, donde el ADN se extrae de fuentes orgánicas mediante una metodología simple para cumplir con las características moleculares necesarias para ser aplicadas en sistemas de producción de cultivos, permitiendo la reducción o quizás la eliminación total de la aplicación de pesticidas químicos, fertilizantes e insecticidas.