Los DNAs circulares extracromosómicos (eccDNAs) son moléculas de ADN enigmáticas que se han detectado en una variedad de organismos. En las plantas, los eccDNAs tienen diversos orígenes genómicos y pueden derivarse de elementos transponibles. Las estructuras de las moléculas individuales de eccDNA y su dinámica en respuesta al estrés son poco comprendidas. En este estudio, mostramos que la secuenciación por nanoporo es una herramienta útil para la detección y el análisis estructural de las moléculas de eccDNA. Al aplicar la secuenciación por nanoporo a las moléculas de eccDNA de plantas estresadas epigenéticamente cultivadas bajo varios tratamientos de estrés (calor, ácido abscísico y flagelina), mostramos que la cantidad y estructura de los eccDNAs derivados de TE varían drásticamente entre los TE individuales. El estrés epigenético por sí solo no causó la regulación al alza de los eccDNAs, mientras que su combinación con el estrés térmico desencadenó la generación de eccDNAs de longitud completa y varios eccDNAs truncados del elemento. Mostramos que la relación entre los eccDNAs de longitud completa y truncados depende del TE y de la condición. Nuestro trabajo allana el camino para una mayor elucidación de las características estructurales de los eccDNAs y sus conexiones con varios procesos biológicos, como la transcripción de eccDNA y el silenciamiento mediado por eccDNA de TE.