(1) Antecedentes: La comunicación química entre bacterias, conocida como quorum sensing (QS), permite a las bacterias detectar señales químicas en la población bacteriana para controlar cambios fenotípicos a través de la regulación de la expresión génica. La inhibición del QS tiene diversas aplicaciones potenciales, particularmente en la prevención de infecciones bacterianas. El QS puede ser inhibido al dirigirse a LuxP, una proteína receptora periplásmica involucrada en la detección de la molécula de señalización QS conocida como autoinductor 2 (AI-2). La detección de AI-2 por LuxP transduce la información química a través de la proteína quinasa sensor de la membrana interna LuxQ y activa la cascada de QS. (2) Métodos: En este estudio se aplicó un enfoque in silico para diseñar aptámeros de ADN contra LuxP. Se utilizó un método que combina acoplamiento molecular y simulaciones de dinámica molecular para seleccionar los oligonucleótidos que se unen a LuxP, los cuales fueron caracterizados posteriormente mediante calorimetría de titulación isotérmica. Posteriormente, se examinó la bioactividad del aptámero seleccionado a través de un análisis transcriptómico comparativo. (3) Resultados: Se identificaron dos candidatos a aptámeros a partir de la ITC, que tienen las constantes de disociación (K) más bajas de 0.2 y 0.5 micromolar. El aptámero con el K más bajo demostró supresión del QS y reguló a la baja la expresión génica relacionada con el ensamblaje de flagelos. (4) Conclusiones: Este estudio desarrolló un enfoque in silico para diseñar un aptámero que posee propiedades anti-QS.