Investigar la diversidad de peces en ríos de cañón a través de encuestas convencionales de peces es un desafío debido a las condiciones precipitadas, que incluyen pendientes pronunciadas, flujo rápido de agua y hábitats complejos. Además, la intensa construcción de represas ha complicado aún más la comprensión de la diversidad de peces contemporánea en estos ríos. En este estudio, utilizamos la técnica de ADN ambiental (eDNA) para evaluar la diversidad de peces y examinar los efectos de las represas en la diversidad de peces en el río Mabiehe, un río de cañón en las partes altas de la cuenca del río Perla. Se recolectaron muestras de agua de 15 sitios de muestreo, obteniendo 9,356,148 secuencias válidas. Utilizando la base de datos pública de NCBI, se identificaron un total de 60 especies de peces de agua dulce, siendo las más dominantes en el río Mabiehe. También detectamos una especie de pez protegida a nivel nacional, tres especies de peces protegidas a nivel provincial y seis especies exóticas en este río. Además, los análisis de eDNA demostraron que las secciones de ríos lóticos albergan más especies y mayor diversidad que las secciones represadas, sugiriendo que las represas podrían ejercer impactos significativos en la diversidad local de peces. En general, este estudio apoya la efectividad de la técnica de eDNA como una herramienta complementaria a las encuestas de campo tradicionales para monitorear la biodiversidad de peces en ríos de cañón.