La descarga de aguas subterráneas submarinas (SGD) ha sido reconocida recientemente como un factor influyente en los ecosistemas costeros; sin embargo, se ha realizado poca investigación sobre sus efectos en la diversidad de peces costeros. Para investigar la relación entre SGD y la diversidad de peces, realizamos una encuesta a escala de isla costera utilizando el método de ADN ambiental (eDNA). Nuestros hallazgos indican que la riqueza de especies de peces y la riqueza funcional alcanzan su punto máximo en estaciones con alta SGD. Variables ambientales, como la salinidad, la concentración de nitrógeno inorgánico disuelto (DIN) y SGD, influyen significativamente en la diversidad de peces. La riqueza de peces carnívoros se correlacionó negativamente con la salinidad, mientras que la riqueza de peces planctívoros se correlacionó positivamente. Además, se encontró que SGD y las concentraciones de DIN son cruciales para dar forma a las comunidades omnívoras y pelágicas, respectivamente. Este estudio destaca el papel de SGD en la mejora de las condiciones de nutrientes favorables para comunidades de peces diversas y demuestra la efectividad del metabarcoding de eDNA para la evaluación rápida de la biodiversidad marina. Estos hallazgos proporcionan valiosos conocimientos para el monitoreo y la gestión de ecosistemas costeros.