Los ecosistemas de agua dulce juegan un papel clave en la diversidad global y están sujetos a una serie de impactos antrópicos, lo que a menudo conduce a la pérdida de biodiversidad. Los organismos que habitan estos sitios liberan continuamente ADN en el medio ambiente a través de células, excremento, gametos y/o materia en descomposición; por lo tanto, la evaluación de este eDNA podría revolucionar el monitoreo de la biodiversidad. En este estudio, se utilizó por primera vez la metabarcoding de ADN ambiental en tres lagos sicilianos: Lago Poma, Lago Piana degli Albanesi y Lago Scanzano. Los resultados obtenidos proporcionan la primera instantánea de la biodiversidad de vertebrados en estos tres lagos, donde se conoce poco, para proporcionar información valiosa útil para crear una línea base de conocimiento sobre la biodiversidad en estos tres lagos. Otro resultado importante fue la detección de especies marinas, probablemente debido a algún tipo de contaminación antrópica. El ADN ambiental es una herramienta útil para evaluar tanto la biodiversidad como el estado ecológico del medio ambiente; tiene el potencial de complementar los métodos tradicionales, y el uso de ambos enfoques puede ofrecer una comprensión más completa del ecosistema.