Evidencia reciente ha sugerido que la microbiota intestinal es un posible factor de riesgo para la obesidad. Sin embargo, hay evidencia limitada sobre la asociación entre la composición de la microbiota intestinal y los marcadores de obesidad en la región de Oriente Medio. Nuestro objetivo fue investigar la asociación entre la microbiota intestinal y los marcadores de obesidad en un estudio de casos y controles que incluyó a 92 mujeres saudíes de 18 a 25 años, incluyendo participantes con obesidad (caso, = 44) y con peso normal (control, = 48). Se recopilaron datos antropométricos, de composición corporal y bioquímicos. Se utilizó la técnica de disparo de genoma completo para analizar la microbiota intestinal. Se determinaron la diversidad alfa de Shannon y la diversidad beta de Bray-Curtis. La diversidad alfa microbiana se asoció significativamente solo con la relación cintura-cadera (WHR) (-valor = 0.04), mientras que la diversidad beta microbiana se asoció significativamente con el índice de masa corporal (-valor = 0.048), % de grasa corporal (-valor = 0.018) y WHR (-valor = 0.050). Bacterias específicas en diferentes niveles taxonómicos, como Bacteroidetes y Synergistetes, se asociaron positivamente con diferentes marcadores de obesidad. Alistipes fue más alto en el grupo de control en comparación con el grupo de casos. Los resultados destacan la asociación de la microbiota intestinal con la obesidad y sugieren que la microbiota intestinal de las mujeres saudíes está asociada con marcadores específicos de obesidad. Se necesitan estudios futuros para determinar el papel de las cepas identificadas en el metabolismo de individuos con obesidad.