La propagación de virus entéricos de animales domésticos y seres humanos a especies silvestres puede verse facilitada por la resistencia de estos virus en el medio ambiente y su capacidad de transmitirse a través del agua y alimentos contaminados. El estado sanitario de las poblaciones de zorros de las pampas (Lycalopex gymnocercus) y zorros cangrejeros (Cerdocyon thous) es en gran parte desconocido, y los paisajes que ocupan estos animales en el sur de Brasil se han visto amenazados por la ocupación humana y la expansión de la agricultura. En este trabajo, se utilizó la búsqueda de genomas de adenovirus humanos y caninos en heces de estos carnívoros silvestres para rastrear la propagación de patógenos de animales domésticos y humanos a las poblaciones en libertad en una reserva natural ubicada en el sur de Brasil. Esto se realizó mediante reacciones en cadena de la polimerasa diferenciales en tiempo real (qPCR) específicas para el virus en muestras de heces, evitando la captura y el estrés adicional a los animales. Se realizó de forma complementaria una PCR convencional con transcriptasa inversa (RT-PCR) específica de género para la detección de enterovirus (VE) y rotavirus (VR) en estas mismas muestras. Se encontraron genomas de adVHA en 14 de las 17 muestras de heces analizadas (82,35%), mientras que el CAV coinfectó 5 de estas muestras. Se detectaron genomas de RV en 7 de las 17 muestras (41,18%) y todas las muestras resultaron negativas para EV. Los resultados indican una alta tasa de dispersión de adVHA y RV hacia estas especies de carnívoros silvestres sudamericanos, lo que podría ser un efecto de la creciente antropización del hábitat de estos animales.