El ahuehuete (Ten.) es una especie de árbol ribereño de significativa importancia ecológica, cultural y económica, que demuestra una notable tolerancia a inundaciones prolongadas. Sin embargo, el mecanismo subyacente de adaptación al encharcamiento sigue siendo desconocido. En este estudio, determinamos los rasgos fisiológicos de las hojas de ahuehuete a 0, 15, 30 y 60 días bajo condiciones de encharcamiento. Los resultados mostraron que no hubo una diferencia significativa en el contenido de MDA entre las hojas de ahuehuete sometidas a encharcamiento y aquellas bajo condiciones de riego adecuado (CK). En contraste, los contenidos de osmoprotectores (azúcar soluble, proteína soluble y prolina) y las actividades de las enzimas antioxidantes (SOD, POD y CAT) exhibieron tendencias de cambio similares bajo condiciones de encharcamiento y CK, a pesar de pequeñas diferencias cuantitativas entre los dos grupos. Se realizó un análisis transcriptómico comparativo posterior para investigar las características transcripcionales. Un total de 3687 DEGs se expresaron en todas las comparaciones a lo largo del proceso de encharcamiento, mientras que 2873, 4617 y 2710 DEGs fueron específicos del grupo de comparación. El análisis de enriquecimiento de KEGG reveló que los DEGs estaban enriquecidos en varias vías metabólicas, como la transducción de señales de hormonas vegetales (ko04075), la vía de señalización MAPK-plantas (ko04016), el transportador ABC (ko02010) y el metabolismo del nitrógeno (ko00910). WGCNA también identificó módulos clave asociados con rasgos fisiológicos, enfatizando simultáneamente la importancia de la transducción de señales de hormonas vegetales y la cascada de señales MAPK. En general, nuestros hallazgos revelaron características fisiológicas y transcriptómicas del ahuehuete bajo condiciones de encharcamiento, y proporcionaron nuevas perspectivas sobre la adaptación al encharcamiento en especies de gimnospermas leñosas.