El lupino blanco es un cultivo prometedor de alto contenido proteico, cuya cultivación está limitada por la falta de adaptación a suelos que son incluso ligeramente calcáreos. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la variación fenotípica, la arquitectura de rasgos basada en un GWAS y la capacidad predictiva de modelos habilitados por el genoma para el rendimiento de grano y rasgos contribuyentes de una población genéticamente amplia de 140 líneas cultivadas en un ambiente de siembra de otoño en Grecia (Larisa) y un ambiente de siembra de primavera en los Países Bajos (Ens), que presentaban suelos moderadamente calcáreos y alcalinos. Encontramos una gran interacción genotipo x ambiente y una correlación genética modesta o nula para las respuestas de las líneas en diferentes ubicaciones para el rendimiento de grano, una puntuación de susceptibilidad a la cal y otros rasgos, con la excepción del peso individual de las semillas y la altura de la planta. El GWAS identificó marcadores SNP significativos asociados con varios rasgos que fueron notablemente inconsistentes entre ubicaciones, mientras proporcionaba evidencia directa o indirecta de un control poligénico generalizado de los rasgos. La selección genómica demostró ser una estrategia factible, gracias a una capacidad predictiva moderada para el rendimiento y la susceptibilidad a la cal en Larisa (el sitio que presenta un mayor estrés por cal en el suelo). Otros resultados de apoyo para programas de mejoramiento donde se identificó un gen candidato para la tolerancia a la cal y la alta fiabilidad de las predicciones habilitadas por el genoma para el peso individual de las semillas.