Una de las estrategias para combatir la malnutrición por micronutrientes es desarrollar líneas de frijol común biofortificado (L.) capaces de tolerar diferentes condiciones de estrés. En este estudio, se evaluaron las respuestas adaptativas de diferentes líneas de frijol biofortificado cultivadas bajo el estrés combinado de suelo ácido y altas temperaturas en la Amazonía colombiana. Un total de 247 líneas de frijol común del pool genético Mesoamericano se utilizaron para determinar la respuesta adaptativa en términos de comportamiento fenológico, fisiológico y agronómico bajo condiciones de estrés combinado. Las líneas probadas se obtuvieron de diferentes cruzamientos simples, cruzamientos dobles y retrocruzamientos entre diferentes materiales de frijol, de los cuales 146 se obtuvieron de familias F con alto contenido de hierro (Fe) en la semilla y 99 líneas de frijol común de familias F. Diferentes líneas de frijol tuvieron rendimientos de grano (GY) superiores a 1400 kg ha de las familias F (líneas: 859, 805, 865 y 657) y F (líneas: 2853 y 2796). El rendimiento superior de estas líneas se relacionó con una mayor partición de fotosintatos que ha permitido un aumento en la formación de vainas (índice de partición de vainas, PPI) a partir de la biomasa del dosel (CB) y el llenado de grano (índice de cosecha de vainas, PHI; índice de cosecha, HI), lo que resultó en valores más altos de GY. Los valores de GY se correlacionaron con CB (r = 0.36), PPI (r = 0.6), PHI (r = 0.68) y HI (r = 0.8, < 0.001). Este aumento en el rendimiento agronómico se debe a una mayor asignación de energía a la maquinaria fotosintética (II) y su disipación en forma de calor (NPQ), con aumentos en la diferencia de temperatura de la hoja (LTD). Basándose en los resultados obtenidos, seis líneas biofortificadas de frijol común (líneas F5: 859, 805, 865 y 657; líneas F4: 2853 y 2796) mostraron rasgos de tolerancia al estrés combinado y pueden servir como progenitores para aumentar la concentración de Fe y Zn en las semillas de líneas que toleran el estrés combinado de suelo ácido y alta temperatura en la región amazónica colombiana.