Entender la evolución y el efecto de la plasticidad en las respuestas de las plantas a los cambios ambientales es crucial para combatir el cambio climático global. Es particularmente interesante en especies que sobreviven en entornos distintos, como las que prosperan en ecosistemas contrastantes dentro del Bosque Atlántico. En este estudio, combinamos análisis de transcriptoma de plantas que crecen en la naturaleza (Restinga y Bosque Ripario) con experimentos en invernadero para desvelar los genes expresados diferencialmente dentro y entre poblaciones adaptativamente divergentes. Comparamos la expresión génica global entre plantas de dos nichos ecológicos distintos. Encontramos muchos genes expresados diferencialmente entre las dos poblaciones en entornos naturales y cultivados en invernadero. Los cambios en la forma en que se expresan los genes pueden estar relacionados con la capacidad de la especie para adaptarse a condiciones ambientales específicas. La principal diferencia en la expresión génica se observó cuando se compararon plantas de Restinga con su descendencia cultivada en invernaderos, lo que sugiere que existen presiones de selección distintas que subyacen a los factores ambientales y ecológicos locales de cada ecosistema de Restinga y Bosque Ripario. Muchos de estos genes participan en la respuesta al estrés, como el transporte de agua y nutrientes, temperatura, intensidad de luz y regulación génica. Los genes sensibles al estrés que encontramos son genes potenciales para la selección en estas poblaciones. Estos hallazgos revelaron el potencial adaptativo de y contribuyeron a nuestra comprensión del papel de la reprogramación de la expresión génica en la evolución de las plantas y la adaptación a nichos.