La contaminación de los alimentos puede ser una preocupación grave para la salud pública porque puede estar relacionada con la propagación severa de patógenos. Este es un problema principal, especialmente en el caso de las frutas y verduras frescas; de hecho, a menudo se han asociado con brotes gastrointestinales, debido a la contaminación con bacterias patógenas. Sin embargo, se sabe poco sobre la adaptación fisiológica y la respuesta bacteriana a los estrés que se encuentran en la planta huésped. Así, este trabajo tuvo como objetivo investigar la adaptación de una cepa comensal mientras crecía en el pericarpio del tomate. Se compararon células preadaptadas y no adaptadas y se utilizaron para contaminar tomates, demostrando que la preadaptación aumentó la proliferación celular. Se extrajo ADN de células preadaptadas y no adaptadas, y se secuenció, comparando sus perfiles de metilación. Por lo tanto, se identificaron genes involucrados en la adhesión celular y resistencia contra compuestos tóxicos como genes implicados en la adaptación, y se comparó su expresión en estas dos condiciones experimentales. Finalmente, se probaron las células preadaptadas y no adaptadas por su capacidad para resistir la presencia de compuestos tóxicos, demostrando que la adaptación ejerció un efecto protector. En conclusión, este trabajo proporciona nueva información sobre la adaptación fisiológica de las bacterias que colonizan el pericarpio del fruto del tomate.