Descifrar el papel de la adaptación climática en la generación de divergencia genética y, por ende, en la especiación es una cuestión central en la evolución. Las comparaciones de genomas de especies estrechamente relacionadas que abarcan gradientes climáticos selectivos son particularmente informativas para discernir las huellas de la selección y, por lo tanto, proporcionar información valiosa sobre el papel de la adaptación climática en la especiación. Aquí re-secuenciamos 99 genomas de las dos especies hermanas de anguila-goby, que son endémicas de llanuras de barro intermareales que abarcan contrastantes gradientes de latitud, para estimar la influencia de la selección climática divergente en la conformación de patrones de divergencia a nivel genómico. Los resultados indicaron que la diferenciación a nivel genómico entre las dos especies era evidente (diferenciación a nivel genómico = 0.313). Contra un fondo de alta divergencia genética basal, se detectaron 588 y 1202 loci divergentes elevados que estaban ampliamente distribuidos a lo largo de sus genomas, en lugar de estar concentrados en pequeñas islas de regiones genómicas. Estos patrones de divergencia pueden surgir de la selección climática divergente además de la deriva genética actuando a través de la segregación glacial pasada (hace 1.46 millones de años). Identificamos varios genes candidatos que exhibieron una divergencia elevada entre las dos especies, incluidos genes asociados con el metabolismo de sustancias, la producción de energía y la respuesta a señales ambientales, todos candidatos putativos estrechamente vinculados a la adaptación térmica esperada del gradiente de latitud. Curiosamente, varios candidatos relacionados con el reconocimiento de gametos y el tiempo de pubertad también exhibieron una divergencia elevada, lo que indica su posible papel en el aislamiento pre-cigoto y la especiación de las dos especies. Nuestros resultados ampliarían nuestro conocimiento sobre los roles de la adaptación climática de latitud y la deriva genética en la generación y mantenimiento de la biodiversidad en los teleósteos marinos.