El repollo chino naranja (L. ssp.) es una excelente fuente de nutrientes que promueven la salud y que podrían reducir el riesgo de enfermedades crónicas. Este estudio investigó principalmente los patrones de acumulación de ocho líneas de repollo chino naranja para glucosinolatos indólicos (GLSs) y contenido de pigmentos en órganos vegetales representativos a través de múltiples etapas de desarrollo. Los GLS indólicos se acumularon en gran medida en la etapa de roseta (S2), especialmente en las hojas internas y medias, y el orden de acumulación de GLS indólicos en órganos no comestibles fue flor > semilla > tallo > vaina. Los niveles de expresión de los genes biosintéticos en las vías de señalización de luz, MEP, carotenoides y GLS fueron consistentes con los patrones de acumulación metabólica. Los resultados de un análisis de componentes principales muestran una clara separación de las líneas de GLS indólicos altos (15S1094 y 18BC6) de las líneas de GLS indólicos bajos (20S530). Se identificó una correlación negativa entre la acumulación de GLS indólicos y carotenoides en nuestro estudio. Nuestro trabajo contribuye a proporcionar conocimientos valiosos necesarios para criar, cultivar y seleccionar variedades de repollo chino naranja y sus órganos comestibles con mayor valor nutricional.